Windows8から実装された「高速スタートアップ」という機能があります。
この機能が有効になっていると、次回の起動が早くなるので大変便利ではあるのですが実は色々と弊害があります。
既に有名なところで言えば
Win8/8.1に接続しているUSB外付けHDDを他のPCでも使い回しているとデータが消えてしまったりする、というものがありました。
Win8/8.1で高速スタートアップが有効になっている場合に、シャットダウンしてからUSB外付けHDDを外して他のPCに接続して使ってから、元のWin8/8.1に接続するとファイル自体が消えてたり編集したものが元に戻っていたり、最悪の場合にはファイルが全部消えたり（これは実際には見た事ないですが）する状況が発生します。
他のPCに接続するのであれば、シャットダウンする前に普通に「安全な取り外し」をして取り外せばいいだけの事ではありますが、その癖が染みついている人でないと面倒と感じるかも知れません。
上記現象は有名な例なのですが、他にも色々と起こり得ます。
例えば、Win8/8.1でBluetoothのマウスやキーボードを使っており、シャットダウンしかしてない場合は稀にそれらのマウスやキーボードが誤動作を起こす事があります。Win8/8.1の起動前に電源を入れておくと大丈夫な気もしますが確実ではないです。
また、場合によってはエクスプローラの画面で右側ペインにCドライブも何も表示されないという現象が稀に起こる事があります。
上記２つは高速スタートアップが原因の場合には、シャットダウンでは無く再起動すると元に戻ります。
これら高速スタートアップに起因するトラブルは、高速スタートアップ自体を無効にしてしまうという回避方法もあります。（検索すればいくらでも出てきます）
SSD搭載のタブレットやノートでは最初から無効になっているものもあります。
